这年六月，秃发傉檀为了讨好姚兴，特地献上三千匹战马和三万头羊只。姚兴认为在诸凉的国主中，唯有秃发傉檀最忠于自己。于是，他下令将王尚调回长安，改任秃发傉檀为凉州刺史。消息传到姑臧，许多凉州人表示反对。他们派遣凉州主簿胡威赶到长安，请求姚兴撤回成命，留住王尚。胡威埋怨姚兴因贪恋小利而舍弃一方土地。指出秃发傉檀心怀叵测，将河西五郡拱手送他，不但要给凉州百姓带来直接的损害，而且对后秦本土也潜伏着巨大的危险。姚兴意识到自己的失策，急忙派人纠正，但来不及了。秃发傉檀用在姑臧城南驻扎的三万大军，迫走了王尚。随着姑臧的丧失，后秦的势力逐渐退出河西，仅有的保留下来的只是对诸凉名义上的领属关系。同年，姚兴的另一重大失误是将南乡十二郡归还东晋，极大地削弱了自身的力量。
弘始九年（407年），赫连勃勃建立的大夏政权突然崛起在后秦的北方，成为姚兴无法摆脱的威胁和灾难。赫连勃勃在其部族被拓跋圭打垮后一文不名，毫无力量。自接受后秦的封号、统领旧部以来，他的羽翼才日渐丰满起来。秦魏战后，姚兴为对付北魏，改任赫连勃勃镇朔方，并以三交五部鲜卑及杂虏二万余落拨他管辖。赫连勃勃实力大增，遂决定叛秦自立。弘始八年（406年），他把柔然可汗社仑献给姚兴的八千匹战马劫获，并以射猎的名义袭杀了岳父没弈干，并其部众。次年六月，他自称天王、大单于，建国号为大夏。在陆续打败一些部落和割据势力之后，赫连勃勃开始骚扰姚兴。十月，他连陷后秦的北部诸戍。有的部下建议他定都高平，赫连勃勃不同意。他认为专固一城，不能发挥骑兵高速度作战的特点。他要采取是倏来忽往的突袭战术，使姚兴疲于奔命，防不胜防。赫连勃勃的作法，果然奏效。在铁弗骑兵的袭击下，后秦岭北地区的城镇整天处于紧张状态，根本无法进行正常的生活。
弘始十年（408年），赫连勃勃又在青石原大败后秦军队，俘获和斩杀五千余人。姚兴不能容忍赫连勃勃的一再挑衅，开始筹划反攻。他首先改善了同赫连勃勃宿敌拓跋珪的关系，然后，命令大将齐难率领两万骑兵寻找铁弗人的踪迹，准备大战赫连勃勃。
后秦的兵力有限，姚兴本应全力对付主要敌人赫连勃勃。但是，在派兵北上的同时，他又派出以姚弼为主帅的三万步骑进攻河西，这就使得兵力过于分散。
姚兴有个侥幸心理：秃发傉檀一年前被赫连勃勃战败，名臣勇将消耗掉十分之六七，之后内乱频生，国力大衰。姚兴认为这是个打败秃发傉檀，重返河西的大好机会。为麻痹对方，姚兴声称姚弼的大军不针对南凉，它是配合齐难大军作战、防范赫连勃勃西逃而部署的。
姚弼到达金城，有个部下建议乘秃发傉檀犹豫不定，轻骑突进，掩袭姑臧，但是未被采纳。等到后秦兵至姑臧时，秃发傉檀已完全明白姚兴的意图，作好了设防。秃发傉檀把许多牛羊赶到野地，引诱后秦军队进行略抢。结果，秦将敛成中计，被打得大败，部下死亡七千多人。姚弼被南凉人围困在姑臧的西苑，水源断绝，形势危难。幸亏姚兴派去增援的姚显及时赶到，才避免全军覆没。姚显好言抚慰秃发傉檀，得以安全退兵。从此，秃发傉檀不再畏惧后秦，是年重新称王，大赦改元，设置百官，与后秦完全脱离领属关系。
北线作战的秦军遭到比河西更大的损失。赫连勃勃避开来势汹汹的齐难，将大军撤到朔方东北的河曲，然后利用后秦军队纵兵野掠的机会，潜师杀回。齐难猝不及防，败退途中被夏兵活捉，全军覆没。这一仗使后秦声威大降，岭北地区原附属于姚兴的部落和割据政权，纷纷转依赫连勃勃。
弘始十一年（409年）正月，姚兴重新调整兵力，派出以其弟姚冲为主帅、大将狄伯支为副帅的四万骑兵袭击赫连勃勃。不料，事情中途有变，姚冲企图回兵长安，夺取政权。狄伯支拒绝参与阴谋，被姚冲毒死。事变虽被姚兴迅速平息，但是预期的军事目的没有达到。三个月后，赫连勃勃却成功地袭击了后秦的平凉，抢虏人口七千余户，并进屯平凉以南的依力川。
九月，姚兴倾兵来到依力川附近的贰城，要与赫连勃勃决一死战。赫连勃勃先发制人，乘后秦人马尚未完成集结，猛地袭击贰城的姚兴老营。姚兴面对如潮似涌的大夏铁骑，一时懵头转向，竟然准备丢下大军，逃到担负粮运的后军那里。在群臣的苦谏之下，姚兴没有走成，但他的举动已铸成大错。秦军本来就惧怕大夏铁骑，主帅的临阵惊慌，更加重了恐怖情绪，结果又被赫连勃勃打败。在姚文宗等勇将的死战之下，姚兴得以败还长安，幸免罹难。夏军乘胜洗劫了周围的郡县，将当地七千余户北徙到大城（今内蒙杭锦旗东南）。
赫连勃勃把南下骚扰姚兴作为既定国策，导致后秦与大夏间的战争频繁发生。此后一直到姚兴病死，在双方的战斗中，后秦很少有获胜的机会，而骁骑风驰的夏人却使平凉、杏城、定阳（今陕西延长县南）等重镇几度易手，先后消灭秦军近十万人，抢掠人口两万多户，牲畜财产不计其数。一而再的战争失利和姚硕德、姚绪、尹纬等著名文臣武将的相继去世，使姚兴的处境日益困难。为了避免更多的人口落入赫连勃勃的手里，姚兴将数千户边镇居民安置到内地陈仓（今陕西宝鸡市东）。为了集中兵力，他将增援南燕的军队撤回；为了弥补国用不足，他增加在关津渡口的商税，甚至对盐竹山木，也巧立名目扩大税收。姚兴的这些措施，并没有帮助他摆脱困境。撤回援燕的军队，造成东晋迅速攻灭南燕，转而威胁后秦；增加税目，极大地加重了人民负担，激化了阶级矛盾。姚兴饮鸩解渴、杀鸡取卵，为自己酿成了新的苦酒。
弘始十四年（412年），后秦颍川太守向姚兴报告说，东晋在边境附近的芍陂（今安徽寿县南）一带屯兵，应该及时采取措施。姚兴认为，东晋积弱，不敢轻开边衅，所以虽然与臣下讨论了有关烧粮掠野的防御措施，实际上却没有执行。他低估了刘裕收拾政局的能力，更没有想到对方在灭掉南燕后，已有吞并关陇的设想。
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