司马昱（320年－372年9月12日），字道万，祖籍河内郡温县（今河南省温县）。东晋第八位皇帝（372年1月6日－9月12日在位），晋元帝司马睿幼子，晋明帝司马绍异母弟，母为简文宣太后郑阿春。
司马昱历仕元、明、成、康、穆、哀、废帝七朝，受封琅邪王、会稽王。晋穆帝时任抚军大将军、录尚书事，与尚书令何充共同辅政。何充逝世后，司马昱总理朝政，引名士殷浩等参政，对抗威权日重的大司马桓温。殷浩北伐兵败，反为桓温所废。废帝司马奕即位后，册封琅琊王，又进位丞相、录尚书事。太和六年十一月（372年1月），桓温改立司马昱为帝。司马昱即位后，多受桓温牵制，仅能“拱默守道而已”，在位仅八个月后，便因忧愤而崩，终年五十三岁。谥号简文皇帝，庙号太宗，葬于高平陵。
司马昱善于清谈，史称“清虚寡欲，尤善玄言”，是名副其实的清谈皇帝，在他提倡下，东晋中期前玄学呈现丰饶的发展。有文集五卷，今已佚。
司马昱是晋元帝司马睿的幼子，晋明帝司马绍的异母弟，母为郑夫人（即简文宣太后郑阿春）。司马昱幼年聪慧，深得其父宠爱。当时著名的学者郭璞就评论司马昱说：“振兴晋朝的，一定是这个人。”司马昱成年后，清虚寡欲，擅长玄学。
永昌元年（322年）二月，元帝下诏封司马昱为琅琊王，以会稽、宣城两地作为司马昱的食邑。
咸和元年（326年），司马昱的母亲郑阿春去世，当时年仅七岁的司马昱，非常悲伤，所以请求晋成帝司马衍让自己为母亲服重丧，成帝怜悯他而允许，于咸和三年十二月（328年）徙封司马昱为会稽王[3]，并拜其为散骑常侍。
咸和九年（334年），迁任右将军，加侍中。
咸康六年（340年），升任抚军将军兼领秘书监。
永和元年（345年），因晋穆帝司马聃年幼，便由崇德太后褚蒜子临朝摄政。当时朝廷征皇后之父、卫将军褚裒入朝想任扬州刺史、录尚书事，但吏部尚书刘遐、卫将军长史王胡之劝褚裒道：“会稽王司马昱德行昭著、素负雅望，是国家的周公，足下应把国政交给他。”褚裒于是坚决推辞，返回藩镇。褚太后便拜司马昱为抚军大将军、录尚书六条事。
当时一同辅政的何充意图引用桓温来镇服庾爰之，但丹杨尹刘惔却认为桓温有不甘为臣的志向，便对司马昱说：“不能让桓温占据地形便利的地方，对他的地位、封号也应当经常贬抑。”于是劝司马昱自己出镇长江上游，让自己任军司，司马昱不听。刘倓又请求自己前往，也不获准许，于是任命桓温为安西将军。
永和二年（346年），骠骑将军何充去世，褚太后命诏司马昱总理朝政。
永和三年（347年），桓温攻灭成汉。此后，他权威日盛，名声大振，连朝廷对他也惧怕三分。司马昱认为扬州刺史殷浩素有盛名，朝野对他也推崇佩服，便以他作为心腹，让他参与朝政，想以此与桓温抗衡。从此殷浩与桓温便逐渐开始互相猜忌，彼此间产生了异心。司马昱在此后大量援引会稽人士及玄学同好进入中央，来制衡桓温。这些人对穆帝、废帝时期对外战争或内政，都产生诸多影响。
永和七年十二月（352年1月13日），桓温多次请求北伐未获准，于是率军四五万人顺长江而下，驻扎在武昌。朝廷十分恐惧，抚军司马高崧为司马昱写信责备桓温，他才返回镇地。同年（352年）七月，司马昱升任司徒，但他推辞不肯担任。
殷浩连年北伐，屡屡被打败，军粮器械消耗殆尽。永和十年（354年），桓温借朝野上下对殷浩的怨愤，趁机上书列举殷浩的罪行，请求将他黜免。司马昱不得已，只得将殷浩贬为庶人，流放到东阳郡信安县。从此，内外大权都集中在桓温手里。
升平二年（358年），当时穆帝已到始冠之年（二十岁），司马昱意欲还政于穆帝，但穆帝不许。
兴宁三年（365年），司马昱听说冠军将军陈祐放弃洛阳，便与桓温在洌洲会面，共同商议征讨事宜。不久，哀帝司马丕驾崩，此事搁置起来。哀帝崩后，由琅玡王司马奕即位，褚太后以琅邪王绝嗣为由，再封司马昱为琅邪王（作为储君），又封司马昱之子司马曜为会稽王。司马昱不肯受封，尽管被封琅玡却未去会稽王之称。
太和元年（366年）十月，司马昱进位丞相、录尚书事，赐“入朝不趋，赞拜不名，剑履上殿”的荣誉，又赐羽葆、鼓吹及持班剑的武士六十人，司马昱又坚决辞让。
太和四年十一月二十五日（370年），在桓温北伐失败后，司马昱与桓温在涂中会面，共同商议之后的行动。
太和六年十一月十五日（372年1月6日），大司马桓温废司马奕为东海王，并于同日率百官到会稽王府奉迎司马昱，司马昱在朝堂更换服装，戴平顶头巾，穿单衣，面朝东方流涕，叩拜接受皇帝的印玺绶带，即日便即位为帝，改年号咸安。桓温临时住在中堂，分派兵力屯驻守卫。
桓温及后写了讲辞，打算向司马昱陈述自己废立皇帝的本意。但司马昱接见他不停流泪，令桓温战战兢兢，居然一句话都说不出来。
司马昱虽处在帝位，垂拱无为、持守常道而已，常惧废黜。当时，司马昱见荧惑入太微垣，因晋废帝被废时亦有同样天象，故此十分不安，对桓温亲信也是自己昔日僚属的郗超问桓温会否再行废立之事。郗超断言道：“大司马正在对内稳定国家，对外开拓江山，臣愿用全家百余口来担保，不会发生不正常的事变。”等到郗超急于请假回去看望他的父亲（郗愔，忠于晋室）时，司马昱说：“告诉尊父，宗族国家之事，竟到了这种地步，是因为朕不能用道德去匡正守卫的缘故，惭愧慨叹之深，怎能用语言来表达！”接着便咏庾阐之诗：“志士痛朝危，忠臣哀主辱。”吟诵得潸然泪下，打湿了衣襟。司马昱也因而忧愤得病。
咸安二年七月甲寅（372年9月7日），司马昱因病重召桓温入朝辅政，一天一夜连发四道诏令，桓温都推辞不到。二十八日（9月12日），司马昱立司马曜为太子。临终前，司马昱写了遗诏，要桓温依周公先例居摄，又写道：“少子可辅者辅之，如不可，君自取之。”王坦之在司马昱面前亲手撕毁遗诏，司马昱说：“晋室天下，只是因好运而意外获得，你又对这个决定有什么不满呢！”王坦之却说：“晋室天下，是宣帝（司马懿）和元帝（司马睿）建立的，怎由陛下独断独行！”司马昱于是命王坦之改写遗诏，写道：“家国事都禀报给大司马，如诸葛武侯（诸葛亮）、王丞相（王导）的旧例。”桓温看到后大失所望。同日，司马昱在东堂驾崩，享年五十三岁。十月初八（11月19日），葬于高平陵，庙号太宗，谥号简文皇帝。
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