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1989年1月，73岁的南非总统皮特·威廉·博塔心脏病发作，不得不由宪法发展部部长扬·汉尤尼斯代行总统职权，并且辞去了南非国民党领袖职务。当年3月，国民党推举53岁的教育部长弗雷德里克·威廉·德克勒克接任博塔的总统职务，但遭到这位绰号“大鳄“（DieGrootKrokodil）的铁腕人物的拒绝。博塔表示，他完全能够干到1990年3月，即这届任期期满，并表示要竞选下一届为期五年的总统任期。但是在党内主要政治人物的压力下，博塔最终在8月14日辞去了南非总统职务，由德克勒克接任，从而揭开了南非白人种族主义政权的谢幕倒计时。
德克勒克就任后不久，就下令释放因反对种族隔离政策而入狱的非洲人国民大会（非国大）领袖纳尔逊·曼德拉，并在1990年解除戒严。1991年南非共和国废止了种族隔离政策的三大基石--《人口登记法》、《原住民土地法》和《集团地区法》，从而在法律上取消了种族隔离政策。1994年4月南非举行首次不分种族的全民大选，曼德拉以优势票数当选为新总统，从而正式宣告长达半个世纪的南非种族隔离制度的终结。
南非的种族隔离政策源于其“双重殖民“的独特历史。17世纪初，荷兰东印度公司在今天的好望角地区建立了殖民点，为绕过好望角贩卖东印度香料的荷兰商船提供粮食、牛肉、烟草、淡水等补给。殖民者最初建立的是自由农庄，后来从安哥拉地区输入了第一批奴隶。住在开普地区的纳马人（霍屯督人）脱离自己的氏族，以替白人畜牧、劈柴、作仆人为生，从而逐渐沦为奴隶，并在南非荷兰裔（布尔人）社会当中形成了奴役当地土著的传统。
由于天花等疾病的影响，住在白人殖民区附近的纳马人大量死亡，于是荷兰农民在18世纪对人口空虚的内陆地区发动多次“远征“，从而将土著驱逐到南非西北部荒凉不毛的卡拉哈里沙漠地区。另一方面，原本居住在西非和中非地区的班图人在1600年前后开始大批南下。众多的班图族部落--赫雷罗人、奥万博人、苏陀人、祖鲁人，以及曼德拉所属的科萨人--渡过林波波河，进入今日的津巴布韦、博茨瓦纳、纳米比亚和南非地区。他们也战胜了原先居住在那里的纳马人和科伊桑人（布须曼人），把这些从事原始狩猎采集的弱小民族消灭掉或驱逐走。苏陀人在1700年前后到达瓦尔河（在南非中部），科萨人在同一时期抵达南非东海岸的凯河地区，从而与荷兰布尔人殖民者的先驱部队迎头相遇。此后这两个种族集团互相对峙了一百多年，双方都未能再继续前进一步。
拿破仑战争之后，英国30多万复员士兵和水手涌入劳动力市场，造成了严重的社会问题。为此英国政府决定向地广人稀的北美、澳洲和从荷兰手中得到的开普殖民地移民。到1830年前后，开普殖民地的英国人数量很快压倒了布尔人。英国当局宣布开普殖民地的土地是“皇家土地“，布尔人不能再免费占据土著的土地，而且当地原先的奴隶制度也受到限制。对英国统治感到不满的布尔人在1836年前后大批离开开普殖民地，向内陆前进，渡过瓦尔河，建立了德兰士瓦共和国、奥兰治自由邦、纳塔利亚共和国等多个自治政权。但英国势力也逐渐北上，先吞并了纳塔利亚共和国和第一次德兰士瓦共和国，后来经过残酷的布尔战争，在1902年吞并了第二次德兰士瓦共和国和奥兰治自由邦，从而将南非布尔人全部纳入英属南非的政治体系之中。
然而从民族性格和宗教传统来说，布尔人和英国人有很大的不同。布尔人主要有两个成分，一是荷兰移民，他们多是加尔文派教徒的后裔，一是躲避宗教迫害的法国雨格诺派教徒，雨格诺派也是加尔文教派的别称。这个教派是新教当中最偏执、最严肃死板的教派之一，反对音乐，反对唱歌跳舞，反对过圣诞节，反对一切快乐的东西，主张过清规戒律的苦修生活。17世纪英国的清教徒也与此类似。他们还有一个特征就是认为自己是最优秀的基督徒，带有一种宗教优越感，在南非则发展成种族上的优越感。这种优越感一是针对黑人的，还有一方面就是针对英国移民的。此外布尔人过去有自治传统，采用的是欧洲大陆的罗马法体系，而英国在南非殖民地推行的是普通法法系，布尔人由于语言不同而被排除在陪审团之外。
另一方面，当时的英国人对布尔人也有一种优越感，认为南非布尔人都是农民，低贱下流，顽固不化。许多布尔人因为轻微的过错而受罚。布尔人的小孩如果在英国人的学校里讲布尔语，会被挂上牌子示众，上面写着“我是一头驴，我讲布尔语“。在1900年到1902年的布尔战争中，英国人对布尔人还采取过非常残酷的焦土政策和集中营关押，两万多布尔人妇孺因为饥饿和疾病死在集中营里。这些历史都加重了布尔人与英国人之间的隔阂，并且加深了布尔人本身的民族主义意识。荷兰早就停止向南非输送新的移民了，这些布尔人变成撒哈拉以南非洲唯一的“土著白人民族“，他们认为自己处于一种“孤立无援“的状态，这种状态很像以色列的犹太人。外民族的每个人--包括黑人，也包括英裔白人--都被认为是潜在的敌人。布尔人尤其憎恨英国人。虽然南非曾经在两次世界大战中都站在英国一边参战，但布尔人却在1914年发动了亲德国的兵变，并在1939年成立了亲纳粹德国的特务组织奥瑟瓦·布兰德威格（OssewaBrandwag）。布尔人的南非国民党掌握了南非政权后，甚至在1961年宣布废黜英国女王的国家元首地位，退出英联邦，并把政体从自治领改为共和国。
1902年英国吞并了两个布尔人共和国之后，布尔人在南非白人中所占的比例上升至60%，从而为其创造了有利的政治局面。1910年，布尔人的极端政治组织“南非党“在大选中击败了亲英的“联邦党“，开始把过去德兰士瓦共和国和奥兰治自由邦的一些有关种族歧视和种族隔离的法律推行到南非全国。推行强硬民族主义的南非国民党在1948年大选中击败了由德高望重的扬·史末资元帅（他是亲英的布尔人）领导的联邦党，从而开始了其历时甚久、从未间断的长期执政。
历届南非国民党领袖，如丹尼尔·马兰、约翰内斯·斯特雷顿、亨德里克·维沃尔德等人，都认为取消种族隔离制度会最终导致南非白人的消灭，该党在上台后不久很快就颁布了一整套种族主义的法律，并且极其严厉地推行，以加强其所谓“自我保护“。这就是臭名昭著的“Apartheid“（南非荷兰语，意为“处于隔离的状态“，意即种族隔离）。
整个“种族隔离“理论实际上是借用纳粹主义理论作为其哲学基础的，其基本意义是“一个人的肤色确立他的身份“。这套制度把南非人分为白人、有色人种（十七世纪荷兰白人和土著纳马人通婚的后代）、印度人、马来人、黑人几个基本的种群。犹太人被划为白人，华人被划为白人下面的一个亚种群，日本人则被归为“荣誉白人“。南非政府甚至成立了一个由白人组成的“人口登记委员会“，其成员用几个月的时间来调查申请者的皮肤颜色、面部特点和头发的组织结构，以此来决定是否批准其改变种族身份的请求。
种族隔离的另一个目的是保证“种族的纯洁性“--1949年的一项法律规定不同种族之间的通婚为非法，1953年的另一项法律不准不同种族之间的人发生性关系--但是这套理论和纳粹的种族学说如此相像，以至于南非政府最后都不敢堂而皇之地使用“Apartheid“这个词了，而是代之以“多元民主“或“各自发展“这种委婉的说法。但是无论其名称如何，都不能掩盖这样的实施：这个制度的真实意图是为了保持白人的“Basaskap“（优越地位），把占人口大多数的非白人变成人口占极少数的白人的工具。
在七十年代，南非国民党统治下的白人种族主义政权发展到了极盛时期。南非政府利用廉价的黑人劳动力，白人的管理才干，还有无穷无尽的矿藏--黄金、钻石、白金、铀、锰，以及占全非洲储量87%的煤炭--已经把南非建设成非洲唯一一个接近于西方发达世界的国家。当时的南非经济基础稳固，基础设施发达，按照白人的人均收入计算是世界上最富裕的国家之一，也是当时世界上十一个粮食自给有余并有余粮出口的国家之一。其黄金开采量占世界的四分之三，能够制造从电冰箱到汽车的各种产品，每年出口大量的粮食、葡萄酒、纺织品和机器。当时的南非在经济上自给自足，足以顶住全世界的制裁，并令当时处于经济衰退的欧洲国家咂舌称羡。
值得一提的是，虽然南非白人政权对黑人采取种族隔离政策，但南非黑人的总体生活状况却是撒哈拉以南非洲最好的，受教育程度最高，能得到最好的医疗保健--位于约翰内斯堡郊区黑人城镇索韦托的巴拉格旺纳斯医院是非洲最大的医院。在种族隔离时期的南非，也有许多黑人医生、黑人律师、甚至腰缠万贯的黑人富翁（与其他非洲国家不同，种族隔离时期的南非甚至还有少量的贫穷白人）。许多非洲政权，比如阿明的乌干达和博卡萨的中非帝国，在对待本国黑人时采用的各种手段比南非国民党更加残酷。但是这个事实并非“种族隔离可以接受“的依据。南非黑人并不愿同非洲其他国家的黑人比（许多南非黑人至今仍对来自津巴布韦、莫桑比克等国的贫穷黑人也采取歧视和仇恨的态度），而是和南非白人所享受的种种机遇和特权来对比。在种族隔离时期，南非黑人受到三百多项歧视性法律的限制，这些法律规定黑人可以在什么地方居住、工作、吃饭、旅行，可以和什么人结婚，规定年满16岁的黑人必须携带身份证，天黑之后不能进入白人居住的城镇。对于南非黑人来说，这是最大的不公平。
从六十年代起，许多国际组织都在对南非施加压力，设法使其放弃种族隔离政策。1962年联合国向会员国建议不要在南非投资，翌年敦促各国不再帮助南非制造军用飞机、战车和军舰。1974年联合国宣布中止南非在联合国大会中的席位，1977年宣布对南非实施武器禁运。南非的体育团体被禁止参加奥运会和大多数的国际比赛，几乎所有的非洲国家都不允许南非航空公司的客机降落或飞越其领空。
然而这些措施一点也没有损及南非的经济潜力及其军事力量，而且也没能得到认真执行。甚至许多非洲国家也在不顾联合国的制裁，偷偷和南非做生意：肯尼亚购买南非的玉米，说这是从莫桑比克进口的；赞比亚购买南非的牛肉，说它来自博茨瓦纳；加蓬购买南非的建筑设备，说这是从欧洲进口的；扎伊尔50%的粮食来自南非，津巴布韦80%的外贸是和南非进行的，莫桑比克的马克思主义革命政权则聘请南非工程师来维护其港口和铁路。南非的各个邻国每年为其提供18万人以上的季节性劳工。
在南非白人社会中也有一些温和分子主张取消种族隔离制度，主要是英国血统的居民。但他们只占南非白人人口的40%。占多数的南非荷裔白人并不愿妥协。他们在二战后获得了南非的政治权力、并推行种族隔离措施后，导致国际社会对南非逐渐疏远。
另一方面，南非国内外势力用武力推翻白人政权的尝试也多次以失败告终。南非有一个高效运作、高度有效的情报组织和治安体系。南非每年把将近20%的预算用于国防开支，其军队纪律严明、技术熟练，由9万正规军人和26万后备役军人组成，既有白人也有黑人，但90%的军官是白人，而且兵营实行种族隔离。南非陆军是世界上机动性最高、自给能力最强的军队之一，美国在越战中需要7名后勤人员来支持1名在前方作战的士兵，南非在安哥拉战争中只需1人。南非还拥有完整的军工体系，是世界上第十大武器生产国，能够生产飞机、导弹、战车，甚至有能力来研制自己的原子弹。
1976年6月16日，约翰内斯堡的索韦托爆发大规模黑人起义，并迅速蔓延到南非其他城镇，超过500名黑人被南非军警杀害。1985年7月南非政府宣布在36个黑人居住区实行紧急状态。翌年6月12日，即索韦托事件十周年前夕，南非总统博塔宣布把紧急状态扩大到全国，到1987年又决定把全国紧急状态延长两年。南非的20万黑人矿工在这一年举行总罢工，对南非经济支柱之一--采矿业造成了沉重的打击。与此同时，由于冷战正在趋于结束，长期支持南非、视其为对抗苏联和古巴的“自由世界堡垒“的美国，也逐渐转变了对南非国民党政权的态度，美国公司开始从南非撤资。一度曾骄傲地“独自对抗世界“的南非从此沦为真正的孤家寡人。
1985年元旦，南非总统博塔在南非国会发言时，表示政府愿意释放非国大（南非非洲人国民大会，AfricanNationalCongress，ANC，现为南非执政党）领导人曼德拉，条件是曼德拉发誓今后放弃使用暴力斗争来达到政治目的。此时曼德拉已经从条件恶劣的罗本岛监狱转移到了条件较好的普尔斯莫尔监狱。在接下来的几年里，南非政府又采取了一些软化种族隔离的措施：废除《通行证法》，允许黑人工会组织合法存在，允许黑人在市区永久居住，并承认其财产权。国民党内强硬的种族主义分子反对这些让步，但博塔对他们说，南非白人“要么接受（改变），要么灭亡“。1987年博塔下令把曼德拉转移到一处条件更好的农场，有四间卧室和一座游泳池。博塔在这座农场里与曼德拉举行了秘密会谈，讨论取消南非种族隔离制的前景。
此时南非白人政权仍然掌握着实力强大的军队、警察和保安机构，再加上苏联等国家减少对非国大等南非黑人武装力量的资助，黑人无法以暴力斗争推翻政权。另一方面，由于美国的政策转变，南非白人政权继续压制黑人、实行种族隔离政策的成本已经变得越来越高。对于种族隔离的南非来说，有两个显而易见的关键问题：南非必须进行一次彻底的变革，使它转变为一个融洽的多种族社会；如果这种变革要通过暴力方式来进行，那么它对非洲大陆和整个世界的影响都会是一场大灾难。
在曼德拉出狱之前，南非国民党与非国大领导人姆贝基等人的政治会谈早已持续了很长时间。接替博塔出任总统的德克勒克对国民党内部的保守分子说：“我们当然还能执政五到十年，但那是毁灭之路。和谈的时刻已经到来“；而非国大也认识到转型比革命更为现实可取，解决种族问题不能简单的靠驱逐白人，因为后者掌握着建设国家所必需的知识和管理技术。曼德拉在回忆录中说，“军事胜利即使有可能，也只是一个遥远的梦想。双方在没有必要的冲突中使成千上万的人牺牲生命，这是毫无道理的。暴力决不是解决南非问题的最终办法。“正是在这样的认识下，德克勒克在1990年2月2日南非国会开幕式上发表讲话，表示将终止对非国大、泛非大会、南非共产党等反种族隔离组织的禁令，并表示将无条件释放曼德拉，恢复新闻自由，并取消死刑。在这次讲话9天之后，曼德拉终于获释出狱。1991年12月20日，南非举行首次“民主南非大会“，包括国民党和非国大在内的17个政党组织签署了“意向宣言“，承诺建立一个没有种族歧视和隔离制度的新南非，并明确了南非新宪法的指导原则：尽力弥合过去造成的社会对立，实现国家的的民主转型。1993年非国大与国民党达成了大选后共享权力的双边协议，同年制订了南非的临时宪法。1994年4月南非举行大选，曼德拉当选总统，德克勒克成为副总统。这一天后来成为南非的公众假日，被称为“自由日“。
就南非取消种族隔离、实现政治转型的过程而言，曼德拉、德克勒克等人功不可没，而被认为是种族主义象征的博塔也能够认识到大势所趋，并顺应时代的潮流，也可以算是政治家中的佼佼者。德克勒克的另一项令世人惊讶之举是在1989年下令终止了南非的原子弹计划。已经组装完毕的6枚原子弹和正在组装的1枚原子弹都被拆卸分解。这也和当时南非周围政治环境的变化--1988年安哥拉内战的结束，以及南非政府决定承认纳米比亚独立--有关。放弃原子弹被认为是“白人南非“与黑非洲世界和解和改善关系的一个重要信号。此外，当时南非已经启动了种族和解和谈判进程，不愿意让黑人政权掌握核武器，恐怕也是执政的国民党高层领导人和南非军队的一个考虑因素。
讽刺的是，对于那些顽固的白人种族主义者来说，1994年之后南非发生的社会变化似乎证明了他们之前宣扬的一些种族主义理论。自从非国大执政以来，腐败问题、高犯罪率问题、艾滋病问题都严重困扰着这个被美誉为“彩虹之国“的国家。种族隔离制度结束后，非国大制订了向黑人倾斜的《公平就业法》和《黑人经济振兴法案》，要求黑人和“历史上曾受不公平对待“的族群获得南非境内各银行和公司至少25.1%的股份。然而南非经济增长速度并因此加快，失业率反而有所提高。白人遭到“反向种族歧视“，不少政府部门和公司根据“公平就业法“大量解雇白人员工，招收黑人，而这些被招募者甚至不知道如何启动电脑，整天只知道踢球和跳舞。南非政府将从白人农场主那里获得的土地分配给黑人，其中90%遭到抛荒。大量白人企业遭到政策的打击，从而进一步加剧了南非的经济恶化趋势。
执掌新南非政权的非国大领导人贪污腐化现象非常普遍，在“透明国际“列出的85个腐败国家黑名单中，南非名列第32位。由于无力恢复经济、提高就业率，整个国家的社会对立和社会冲突情况越来越严重。生计无着的贫穷黑人使得犯罪率不断上升，导致南非的强奸和谋杀犯罪率高居世界第一，甚至连前总统德克勒克的前妻都在2001年被人杀害在自己的公寓里。由于社会形势紧张，许多拥有资本、知识和技能的白人精英，如医生、工程师、教授、会计、熟练技工等，纷纷移民到北美和欧洲国家，南非白人的比例从1994年的14.2%降到了2009年的9.2%，留在南非的大多是无钱无技能、无法移民欧美的贫穷白人。南非曾经一度领先的计算机、制药、航空航天、军工技术和机械制造业都出现了衰败的现象。
在八十年代，一些反对南非种族隔离制度的非洲政治家曾经承认，不管南非的制度如何不道德，但人们不能忽视这样的事实，即南非白人在非洲建立了一个最有成就的国家。南非的农场、工厂和矿山生产了那么多的产品，它的城市运转得那么井井有条、富有效率--这些都是非洲国家应当仔细探讨的成就。南非作家艾伦·佩顿在他的著作《哭吧！亲爱的国家》中这样说：“‘在我内心有一大恐惧‘，一位黑人牧师说，‘有朝一日，当他们转向慈爱时，他们将发现我们已经转向仇恨。‘“有了葡属莫桑比克、葡属安哥拉、以及罗得西亚（津巴布韦）等前车之鉴，南非的白人逐渐意识到抗拒历史的潮流是枉然之举，如果在不可避免的暴力到来之前，在宽厚和灭亡之间作出选择，那么应当选择宽厚。但是在建设一个真正的和解、宽容的新南非的道路上，需要黑人与白人双方的共同努力。从现有的发展趋势来看，南非今后恐怕还要面临更多、更关键的选择关口。
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