一方面，日本国内进行了大规模的动员，将原先日俄战争时期的退伍士兵重新招募起来，补充进入现役。同时，因为在日俄战争中尝到了重机枪的苦头，又拿出刚借来的钱财，如同日俄战争之时，再次从美国购买大量的哈奇开斯重机枪。使得日本的每个常备师团的重机枪数量由十六挺提高到了三十二挺。机枪火力几乎提高了一倍。而其他的武器，包括火炮在内，都得到了大幅度的增强。
并且日本国内的“脱亚论”再次高调的宣称：日本经过明治维新，“国民精神”已从亚洲落后状态中脱颖而出，“移至西欧文明”，而亚洲的主要国家中国及朝鲜仍处于落后状态，并濒临被瓜分的危险。在此形势下，日本“不可犹疑”，要脱离亚洲国家行列，而以欧美国家自居，并以欧美国家使用的办法即武力来对待中国和朝鲜。而日本国内从底层一直到高层都认为，这一次应该从清政府处索要更多的的好处，包括领土在内......
日本人依仗着1905年，他们与俄国议和之后日本外务大臣小村寿太郎于同年11月率领与俄国谈判的原班人马开进北京，要求强政府承认其所得权益。经过22轮谈判，迫使清政府与之签订《中日会议东三省事宜条约》，不仅顺利取得了《朴茨茅斯和约》中俄国转让给它的全部权益，同时又乘机勒索了在东北南部开埠通商、改筑铁路等新的权益。事情到此，日本仍未满足，在中日会议之后，又“指鹿为马”，将中日谈判过程中所做的记录强行捏造为所谓“秘密议定书”，并照会英、美等国。
日本就在这个节骨眼上，先向着清政府索要“特殊权益”。也即是开矿、建造铁路、在东北的特权等。
而软弱的清政府居然全盘答应了下来。
在此之后，清政府或许是为了挽回自己的一点面子。在对日俄两国的照会中表态：“东三省城池、官衙、人民、财产，两国均不得稍有损伤，原有之中国兵队，彼此各不相犯”；“三省疆土，无论两国胜败如何，应归中国主权，两国均不得侵占”；“辽河以西俄已退兵之地，由北洋大臣派兵驻扎……”同时，清政府又颁布了《中立条规》，规定凡在华之外国侨民及本国居民皆不得破坏中立，中国应享有局外中立的权利，交战国陆军如有在中国局外境内应遵守各项规定，等等。奉天地方当局还公布了《两国战地及中立条章》，具体划定了日俄在奉天的战地范围，要求两国军队不得逾越指定战地，须保障战地内中国人生命财产的安全等。
而日本也信誓旦旦地表示：日军只是对沙皇俄国作战，“毫无占领大清国土地之意”，“必不敢有损害大清国之事”，“断不损害地方财政”，“盛京、兴京贵国陵寝宫殿所在，以及各衙署，亦不若俄国所为，致蒙损害，可请贵国政府确信。”
与此同时，东亚同文会在华人中大肆散布“兴亚论”，也即是在西方列强的攻势面前，亚洲国家已大半沦亡，只剩下日本、朝鲜和华夏，而只有日本完成了维新大业，走上了富强之路，朝鲜和华夏则已贫弱老朽，形势岌岌可危，因此日本应当“救此贫弱，扶此老朽”，肩负起“兴亚”大任。
岸田吟香等人组成东亚会，近卫笃麿、伊泽修二等人组成同文会，1898年两个组织又合并成东亚同文会。会长近卫笃麿在讨论会纲时说：“本会决定以保全华夏为目的”，故而该会纲的第一条即为“保全华夏”。该会“宗旨书”号召华夏，不要只想到甲午战争，而应“忘衍弃咎，共防处侮”；两国政府要“秉公尚礼”，以便“邦交益固”；两国商民要“各守信义，和衷共济”，以使“邻谊日敦”。同时，该会还邀请旅居横滨、神户等地的华侨及避居日本的康有为、梁启超等参加，使披着保全华夏外衣的兴亚主义一时在华人之间产生了很大影响。
日本政府深知，日俄战争在华夏的土地上进行，广大华夏人的心理倾向对战争双方都具有不可低估的作用。所以，它对华夏人的仇俄心理进一步加以煽动、激化，以各种方式将华夏人卷入战争，使之在刺探俄军情报、袭扰俄军后方等方面，被日本所利用。
早在1897年，日本驻北京公使馆便冒充“长白侠士、辽海义民”的名义，煞费苦心地用中国文言文写了一篇2000余言的《檄东三省士民文》，极尽煽动、拉拢之能事。文中历数俄国“毒比长蛇”，“贪得无厌”，“欲逞凶焰于东方”，“始而庚申英法之寇，托言居中调停，奄有我东海，次而甲午中日之役，藉口代索侵地，窃据我旅大，终而庚子拳匪之变，假名靖乱保路，逼处我三省……侵占我山林，攘夺我矿产”，竭力宣扬“日本与我华夏同文同种，形势唇齿，见我华夏之贫弱不振，而受俄人之凌侮，思拯诸危亡之域而共保太平之局，引为天职，誓不敢陨越。”鼓动东北三省士民，“无论其团练乡勇或前此华夏目为匪党者”，对俄军要“相机度势，扼要制胜，或声东击西，或捣虚而批亢，破坏彼铁路，斫断彼电线，焚烧彼营房，轰击彼武库，使之疲于奔命，不安寝食，联络全绝，分应欠灵，内外兼防，兵力愈单，腹背受敌，危惧交至，则力绌势竭，自取灭亡，不战而溃矣。”而对日军则要“联以腹心，任以耳目，或为向导，或为间谍，接济粮秣，供给房屋。凡其有所缺乏，则必代为设法；有所需要，则必出力襄助。主客相待，联为一气，表里相助，互为策应。”这样，俄军便犹如“囊中之鼠，砧上之肉，不毙何待？”这篇檄文由于抓住了一般华夏人尤其是东北民众的普遍心理，所以具有很大的欺骗性与煽动性。
几年前，日俄战争爆发后，日本派人拿着这篇檄文对散处东北各地的民间武装进行拉拢时，得到了许多人的响应。现在，日本人仍然用这种方法在东北进行宣传。不过，因为日俄战争时期，日本人在东北的残暴行径，此时已经没有多少人相信他们了。
在搜集俄军情报方面，日本再次得到了清朝重臣的支持。在1902年2月的时候，日本参谋本部次长田村怡与造少将率小山秋作大尉到华夏“考察”时，即曾到保定秘访清政府北洋大臣兼直总督袁世凯，双方初步达成秘密协定，在侦察俄国军事行动方面互相配合，袁手下的情报人员所获情报统统提供给日本方面参阅。5月，日本派驻芝罘（今山东烟台）的驻华武官守田利远、袁世凯的军事顾问立花小一郎以及日本公使馆武官等人，又经与袁世凯协商，双方达成多项“合作”条款，其中包括：“1.袁直隶总督在满洲及山东之侦察工作，全部委托于守田大尉，派遣在上述各地之华夏侦察将校，受在芝罘之守田大尉指挥；2.驻在满洲及山东各地华夏将校所获得之情报，一旦搜集于守田大尉之手后，由守田加以综合，分送日本参谋本部及华夏直隶总督；3.袁直隶总督、立花小一郎少佐、北京日使馆武官室及守田大尉之间，设置特设之电报密码，以资互相联络沟通。”
这项协议，在日俄战争中一直贯彻执行，对日军帮助极大。奉天会战前，袁世凯派遣到东北及山东的情报军官达16人之多。他们谎称“脱队人员”，暗中协助日本间谍搜集俄军情报，如后来成为北洋军阀重要头领之一的吴佩孚，当时就被派到守田利远手下。他曾扮作杂役，潜入辽阳俄军统帅部刺探情报。1904年5月，守田利远率领由40余名日中间谍人员组成的谍报班，从烟台渡海，在辽东半岛登陆，除对复州、普兰店等地的俄军情况进行侦察外，还向奉天、盖平、岫岩、大石桥等地派出宫相臣、初兰亭、张敏卿、梁慎勇等近10名清朝方侦探人员。
这一次，当然也不例外。
以辽阳为据点的日本重要间谍土井市之进，在其活动中也同样利用了许多华夏人为其服务。他在化装成僧人从北京潜往营口时，便曾雇用了一名真正的华夏僧人同行，以遮人耳目，应付盘查。进入辽阳后，土井又雇用了旅顺人王子修为其充当俄语翻译。在王的帮助下，土井建立了谍报据点，并根据其建议，改装成华夏南方商人。同样在王的协助下，土井物色了一批华夏青年，经过简单的训练，然后派遣到北起开原、南达大石桥间的各铁路车站，详细记录俄军每天南来北往各次列车的内容，由土井加以整理后，转交日军有关部门。此外，后来成为奉系军阀首领的张作霖在此期间也同土井有过接触，并曾向其提供帮助。
虽然此次与日俄战争中的形势有所不同，但这一次，日本人在华夏经营了更长时间的间谍网络必定会比日俄战争时的发挥更大的作用。
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