当大本营和满洲军军部得知了乃木希典大将开挖的坑道在短时间之内已经连续两次被俄国人爆破掉之后，他们顿时都对乃木希典是否能够在较短时间之内攻下符拉迪沃斯托克要塞表示担忧。
为此，满洲军司令大山岩元帅特地到乃木希典的指挥部找到了他，脸上带着特有的迟钝表情：“乃木君，现在俄国人的反坑道作业进行的十分之猖獗，你可有什么良策？”
“大山君，我已经为此修改了作战计划，请您过目。”乃木希典从桌子上拿起一份文件，双手递给了大山岩。
这份作战计划与之前的计划有着一定的区别，即在原本的坑道爆破的基础上，增加了夜袭，以及调用大批的大口径火炮对准符拉迪沃斯托克要塞的主要堡垒进行狂轰滥炸。
之前乃木希典是因为怕伤亡过多，遂只采取了坑道爆破。而现在，则是因为计划的改变而采用了一些其他的战术。
符拉迪沃斯托克要塞与旅顺要塞的设计几乎是一模一样，是同一时期设计并且建造的，而且，永固工事的设计强度也是和旅顺要塞的一模一样，都是能够防御230毫米火炮的直接打击。但是，日本的攻城重炮却是280毫米的，完全有能力轰开要塞的坚固堡垒。
就在这个时候，一个日军参谋走了进来在乃木希典的耳边说了几句话。乃木希典在听完之后，脸上现出了一丝喜色，对着大山岩说：“大山君，我现在请你看一场大戏。”
两个人走出帐篷，来到了指挥部旁的一座小山包上，向着符拉迪沃斯托克要塞的方向望去。
过了没一会儿，一声巨大的爆炸声响了起来。一大团泥土被地下的炸药给掀上了天空。
那是，日本工兵在先听到俄国工兵的坑道掘进的声音之后，抢先引爆了炸药，将坑道里的俄国人都送上了天。
这是一九零六年十一月的第三次坑道爆破。
十一月十七号，乃木希典大将命令攻城炮兵旅团使用刚刚运输抵达的280毫米重型榴弹炮，向着弗拉迪沃斯托要塞的一号、二号堡垒进行了猛烈的轰击。
这些重达二十六吨的重型榴弹炮在这个没有公路和重型载重汽车的年代，只能通过铁路运输。而后方铁路经过了满铁的紧急的抢修之后，这些重型榴弹炮终于被运输上了前线。连带着每枚重达二百一十七千克的炮弹，总共送来了二十八门，以及三千发的炮弹。
还在日俄战争进行之中，日本政府就已积极策划开始对辽南和大连地区进行军事管制式的行政统治。1904年4月17日，日本东京大本营设置满洲军政委员会。该军政委员会的出笼，是战时的大连地区进入到边战边管的军政合一的统治时期。1906年1月，日本西园寺公望内阁为了加快对华夏辽南地区的经济开发，由外交、财政、邮电等部门合议组成“满洲经营调查委员会”，曾在日俄战争时期担任日本满洲军总参谋长的儿玉源太郎出任该委员会的委员长。“满洲经营调查委员会”的主要任务就是谋划对华夏东北（重点是辽南及大连地区）的殖民扩张、经济掠夺的战略计划及施政方案和政策。
日俄战争的结束，让日本政府已经充分地认识到，加速对华夏东北地区丰富资源的开发，以满足日本国内日益贫乏的资源的需求，是至关重要的。要完成这样一个庞大的计划，仅有一个指导机关是不够的，必须要有具体的实施部门来加以完成。而此时后藤新平所一贯坚持的：经营和开发满洲需以铁路为中心的主张，随着日俄媾和条约的签定，沙俄将从长春宽城子至旅顺的铁路和一切支路、铁路内所附属的一切权利与财产、铁路内所附属的一切煤矿，不受补偿以华夏清政府允许为名全部转让给日本，从而使日本取得南满铁路的垄断事实，在日本朝野上下得到共鸣。
就在日俄战争的硝烟还弥漫于辽东半岛的上空的时候，后藤新平受内阁总理大臣桂太郎的指派来到日本满洲军参谋部慰问儿玉源太郎。席间，二人的话题重点谈论了战后经营华夏辽东半岛一事，后藤新平坚决的主张：“必须重点经营铁路，要从全局出发……，准备与俄国进行再次的交战。”
后藤新平向儿玉源太郎面议经营满洲的方针，概括起来主要是以下四点：第一，经营铁路；第二，开发煤矿；第三，移民；第四，发展畜牧业。后藤新平的这种“满洲经营论”后来又进一步演变成“对满洲文治的军备论”。
后藤新平作为满铁的首任总裁这一段时间中，他以一个“殖民地经营家”的角色，制定了满铁的基本发展方向，同时他也参与制定了大连城市的建设发展规划。
后藤新平在入主满铁后迫不及待地提出了“文装的武备”这一殖民主义统治策略。所谓的“文装的武备”这个词，随着时间的流逝其具体内容也逐年有所不同。
最初的“文装武备”简而言之，就是用文事设施，以备外来的侵略，能够在突发事变时兼可有助于武力行动。后藤新平的这一主张，形象地说，就好象是在文人的服装内裹着一个体格强健的军人。但有一点是可以肯定的，后藤新平这里就是要在华夏的东北通过以发展经济力量的方法，来达到增强军事实力的目的，而不是赤裸裸地去加强军事力量。
其实在他的“文装的武备”统治策略中还有另外一种含义，就是要把其在台湾所施行的惯用手段“王道与霸道”更好地运用于满铁的施政管理之中。
1898年，后藤新平出任台湾总督府民政长官后，他首先废除了前任总督乃木希典的“三段警备”的统治模式，排除军队对地方治安的管理，加强警察的势力，以强化地方治安。台湾的“警察政治”是由后藤新平所创立的一种渗透于民间，而无孔不入、无处不在的统治形式。以至当时当地的民众对警察的恐惧达到谈虎色变的程度。更有哭嚎的孩子一听到“警察”二字，便会立即止声而泣。
1898年8月，后藤新平颁布了“保甲条例”，从而把始于明朝末年郑氏政权时代，清朝初年奠定基础的保甲制度，进一步给予了强化。
保甲编组以户为单位，设户长；十户为甲，设甲长；十甲为保，设保长。各保就该管区域内原有乡镇界址编定，或并合数乡镇为一保，但不得分割本乡镇一部编入他乡镇之保。大乡镇得编组为若干保，设保长联合办公处，由保长互推一人为主任。户长基本由家长充任，保甲长名义上由保甲内各户长、甲长公推，但县长查明不能“胜任”，或认为有更换必要时，得令原公推人另行改推。户长须一律签名加盟于保甲规约，并联合甲内户长共具联保连坐切结，声明如有“为匪通匪纵匪”情事，联保各户，实行连坐。
连坐也即是一人犯法，其家属亲友邻里等连带受处罚。一人造反或者是违反了日本人订的殖民地法律，就要处罚一甲的人，而如果一甲的人都造反或者违反殖民地法律，那么就要处罚一保的人。而日本人的处罚一般都是直接处死。
在这个条例中，加强了警察的管理作用，突出了当地居民之间的连带责任。使之能够相互监视，相互告密等。后藤新平的这个保甲制度的实行，对维持台湾的地方社会治安发挥了强大的威力。
在同年11月，后藤新平又颁发了“匪徒刑法令”。有人在评论这部法令时说，其“有如秋霜烈日”。自后藤新平就任总督府民政长官始至1902年短短的5年间，在这部法令下被处死的台湾民众就有33000多人，该数字超过当时台湾总人口的百分之一。
后藤新平一方面对台湾的民众实施苛酷的鞭挞，但在另一方面又施以怀柔政策，以所谓的“治台三策”为幌子，玩耍猫哭老鼠的伎俩，处心积虑地推行帝~国~主~义的殖民统治政策。
所谓的“治台三策”就是：台湾人怕死，要用高压手段威吓（在日本统治台湾50年期间，屠杀台湾人有40万之多，也有报道说65万）。台湾人爱钱，可以用小钱利用。台湾人爱面子，可以用虚名笼络。
后藤新平以“渐进同化”为目标，大力推行统一台湾的币制，以促进金融与商业的流通；同时还推动各种交通运输企业及铁路、海港、公路等交通设施的建设；开发水利与火利发电厂，从而奠定了台湾发展工业的动力基础；他还在台湾原本就有良好基础的蔗糖业中，引进新式制糖技术、经营模式以及大量资本，促使台湾的蔗糖和稻米产业有了很快的发展。
后藤新平作为一位殖民地的经营开发者，其出发点自然是不会为殖民地的民众谋取社会福利的。相反这些开发却带有强烈的剥削压迫和掠夺的性质。比如他所竭力建设的阿里山登山铁路的开发，其实就是着眼于丰饶的森林资源；而大量的日本国内资本大量流向台湾的蔗糖业，则使得台湾本土的糖商与蔗农受尽了盘剥。
儿玉源太郎虽然是这一阶段的台湾总督，但他又于1900年12月兼任了伊藤博文内阁中的陆军大臣；1903年7月出任桂太郎内阁的内务大臣；1904年日俄战争爆发后，又即任满洲军总参谋长。因此，有“缺席总督”的称谓。从1898年至1906年的8年间，在台湾地区积极推行日本殖民统治政治的魁手就是时任民政长官的后藤新平。由于其所谓的政绩，获得了“殖民地经营家”的称谓。1903年8月成为贵族院议员，1906年封男爵，立铜像以旌其功。
后藤新平从一个殖民扩张主义者的立场出发，认为“帝国的殖民政策就是霸道”，就必须是以强硬的手段来加以推行和实施；但同时又应不失适宜地推行“王道”。所谓“王道”，就是要通过以“发展经济、学术、教育、卫生等”，达到“建设一个广义的文明社会”。后藤新平也正是妄想通过这些具体的措施来达到笼络人心，磨灭华夏人民的民族精神，“使之皈依帝国”。
这里的“王道”只是一种手段，具有极大的隐蔽性和欺骗性。而“霸道”才是根本的目的。就是要把满铁所能达到的区域，统统地变成日本的属地。正是在这种“文装的武备”的思想指导下，满铁建立了一系列的科技、文教、卫生设施。开办大量的学校，大肆进行殖民主义的奴化教育，企图为日后长期殖民统治培养人才；建立诸多的医院，并力争使每一所医院都具有野战医院的功能。成立满铁中央实验所，全面推进和开发对华夏东北的科技殖产。
材料表明，在满铁经营的前10年中，满铁为铁路沿线大小约30个城市的建设投资超过1300万元。另外还投资500万元在这些城市添设了10所供日本人学习的小学，8所供华夏人教育的公学堂，及南满医学堂、南满洲工业学校等教育设施，并提供病床总数为1500张的10所医院和公园、图书馆、防疫设施等文化卫生机构。同时，满铁还在铁路沿线城市投资设置了独自经营或扶持投资经营的电气事业、市场公司、交易所、报社等。这些措施都是行发展经济和文教为幌子，达到加强军事力量为目的。而此种手段在整个满铁经营的40年中，一直是贯彻始终并且是不可或缺的重要措施。
在“文装武备”思想指导下，后藤新平把满铁初期的经营政策的主导区域划定为“大连中心主义”这一具体的事项上。“大连中心主义”的确立，主要是基于大连具有军事上和政治上的安全性。满铁总部设在大连，而统治旅顺、大连的军政合一机构“关东都督府”此时就设在旅顺，关~东~军司令部也设在旅顺，从而对满铁给予了政治和军事上的直接支持和保护。而后藤新平此时一边出任满铁的总裁，一边还充任关东都督府的顾问。其次，大连独特的地理优势也是其选定位置的重要因素。这里有着一个水深面阔，冬季不冻的天然良港，大连港是连结华夏东北的陆路出海口；同时，也是距日本本土最近的港口，是非常“适宜于日满、欧亚联络最短途径的海陆中转地”。
以大连为中心，加强对大连港的建设和经营管理，可有利于沟通日本与华夏东北地区及其它国际港口之间的贸易往来，也有利于日本向华夏的东北地区倾销商品，掠夺资源，藉以提高南满铁路的竞争能力，进而垄断东北经济，扩大对外贸易。
后世在日本学界，后藤新平被捧为“英雄”式的人物，针对他的研究从未停息。其中，一个名为“后藤新平会”的团体最能体现日本对后藤新平的畸形怀念。
“后藤新平会”成立于2005年，其建会宣言极力鼓吹今天的日本需要后藤新平这样的人物，并强调将致力于对后藤新平的业绩作出正解评价，推进相关研究，将其思想遗产继承发展下去。值得注意的是，“后藤新平会”的主要发起人和干事，来自政界、商界、文学界、新闻界等各个领域，均是具有一定社会影响力的人物。这些人物追随后藤新平，强调其思想对当代日本的重要性，并妄图扩大后藤新平的影响，反映出日本部分人士不仅没有对战争进行彻底反省，更对日本曾经的“辉煌”念念不忘。
而在这个时候，后藤新平领导的满铁用最快的速度修复了被破坏的东清铁路，并且为乃木希典送去了他目前最需要的280毫米的重型榴弹炮，及三千发炮弹。
这些280毫米重型榴弹炮，虽然有机械装置辅助上弹，但是射速仍然不快，每十五分钟才能够发射一发。
但是每颗重达二百一十七千克的炮弹再次向所有人证明了自己的威力。
只见一颗炮弹发出了一声震耳欲聋的爆破声，从炮管中被发射了出去，在天上划过了一道弧线，带着风驰电掣的声音向着符拉迪沃斯托克要塞的一号堡垒飞了过去。
在一号堡垒附近的一座俄军暗堡里，几名日俄战争之后新加入的俄军士兵好奇地听着天上传来的巨响：“这是什么声音？”
“风吹的么？”
“风不能发出那么大的声音吧。”
“真奇怪。”
而在暗堡的一个角落里，一个经历过日俄战争的老兵此时却双手颤抖着、不停的划着十字，嘴里喃喃的不停的祈祷。
这个时候，一名新加入的俄军士兵看到了那个老兵的动作，露出了疑惑的表情，刚刚想开口询问一下。
但是已经迟了，这枚巨大的炮弹落在了距离这个暗堡不到十米的地方。
“轰隆！”一声惊天动地的声音从炮弹落地的地方传来，整个一号堡垒都被震动，有些人甚至站立不稳，直接一屁股坐到了地上。
而在距离最近的那个暗堡，此时已经不见了踪影。取而代之的则是一个方圆足足有二十米的大坑，坑中央有八九米左右的深度。站在一号堡垒所在的山头上，甚至能够看到坑中央还冒出了一股股的白色烟雾，那是爆炸产生的高温使得冰雪融化，产生的水蒸气。
在坑外，所有在五十米内的人都已经软软的倒在了地上，身上没有明显的伤痕，但嘴角却流出混杂了内脏碎片的黑血，显然他们是被活活的震死了。
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